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实验室根据国民经济对自动化发展的实际需要，以控制理论、自动化仪表及系统、系统工程与优化、以及机器人技术为主要研究方向，

实验室以模式识别基础理论、图像处理与计算机视觉以及语音语言信息处理为主要研究方向。

实验室围绕农作物遗传改良这一总体目标，以应用基础研究为主，向基础研究和应用研究延伸。

信息科学与工程学院（原南京工学院无线电工程系）在学科地位、科研水平、教学质量、师资队伍、人才培养、横向联合、科研成果产业化等方面均居全校之首，目前已成为国内一流、国际有影响的无线电电子学教学和科研中心，可谓人才济济、成果斐然。

实验室近中期研究方向为CDMA与扩展频谱通信、现代信号处理及其在移动通信中的应用，以及移动通信网络与系统理论。

眼科学实验室以我国常见致盲眼病的发病机理和防治作为主要研究方向，重视基础研究与临床相结合。

实验室主要研究以智能化、主体化、并行化、网络化、自然化、自动化等为主要标志的软件新技术。

设立了计算机科学理论与基础、高速网下的协同工作环境和面向领域服务的软件支撑技术三个有特色、有优势的研究方向。